Předchůdcem dnešní Thomayerovy nemocnice byly Masarykovy domovy

Ústav sociální péče hlavního města Prahy vznikl podle funkcionalistického návrhu Bohumíra Kozáka. Komplex dvacítky budov v pražské Krči vyrostl velmi rychle, stavět se začalo v červenci 1926.

Zahrnoval pavilóny pro chudé nemocné a seniory, nemocnici, dětskou ozdravovnu, pekárnu, řeznictví, krejčovské dílny, zahradnictví, školu, kino, kapli i sportoviště. Areál o rozloze 33 hektarů, jenž hlídalo pět policistů, patřil tehdy k nejmodernějším svého druhu v Evropě.

Za druhé světové války byl v Masarykových domovech zřízen německý lazaret a po válce tam byla krátce nemocnice pro repatrianty a nemocnice Rudé armády. Od roku 1947 byly Masarykovy domovy několik let opět sociálním ústavem, než na jejich místě byla v květnu 1954 otevřena nemocnice.

Stalo se tak u příležitostí 100. výročí narození lékaře Josefa Thomayera. Profesor Thomayer (1853 – 1927) je považován za zakladatele české školy vnitřního lékařství a za vynikajícího diagnostika v oblasti chorob ledvin, srdce a nervů. Byl též skvělým pedagogem, který na své klinice vychoval řadu výborných lékařů.

V roce 1984 se z nemocnice stala Fakultní Thomayerova nemocnice (FTN), v roce 2012 byl název opět změněn na Thomayerova nemocnice. Statut fakultní nemocnice znovu získala v roce 2021.

V současné době pracuje ve FTN, která má zhruba 1000 lůžek, téměř 2700 zaměstnanců, z toho více než 2300 zdravotníků. FTM provozuje 13 klinických pracovišť a působí zde dalších 30 pracovišť a oddělení. FTN má i několik center vysoce specializované péče (CVS).

Nemocnice je též výukovou základnou lékařských, farmaceutických i jiných fakult a ve spolupráci s 1. LF UK a 3. LF UK se podílí na pregraduální výuce studentů lékařské fakulty na vybraných pracovištích.

Zajímavostí areálu Thomayerovy nemocnice je třípatrové podzemní zdravotnické pracoviště, zbudované v železobetonovém protiatomovém krytu z let 1952 až 1962 se samostatným zdrojem pitné vody i agregátem pro výrobu elektrické energie.

V roce 1971 vznikl v areálu nemocnice integrací šesti výzkumných ústavů Institut klinické a experimentální medicíny (IKEM), jenž je špičkovým pracovištěm na poli kardiovaskulárních chorob, transplantací orgánů, diabetologie a poruch metabolismu. Na kontě má řadu evropských prvenství v transplantacích orgánů.