Pankrácká věznice funguje už 130 let, za války zde začala fungovat neblaze proslulá „sekyrárna“

K výkonu trestu odnětí svobody sloužila v Praze od počátku 19. století Svatováclavská trestnice, která vznikla přestavbou bývalého kláštera na Zderaze. Postupem času tento objekt přestal vyhovovat jako svou kapacitou, tak i hygienickými podmínkami. Proto padlo rozhodnutí postavit novou káznici, jež začala na rozhraní Pankráce a Nuslí vyrůstat v létě 1885, přičemž dokončena byla o čtyři roky později.

Areál o rozloze přes 14 hektarů ztělesňoval dobový ideál moderního vězeňství. Stavba měla centrální vytápění, plynové osvětlení, několik učeben a dílenských místností, knihovnu, tělocvičnu či nemocnici. Duchovním potřebám vězňů i dozorců sloužil katolický kostel, evangelická kaple a modlitebna pro věřící židovského vyznání. Od počátku v trestnici fungovalo i zvláštní oddělení pro mladistvé delikventy.

Do konce první světové války sloužila pankrácká věznice jako c. k. mužská zemská trestnice. Po vzniku samostatného Československa se z ní stala věznice Krajského soudu trestního v Praze. V roce 1926 bylo v jejím areálu zřízeno popraviště.

K nejsmutnějším kapitolám v historii pankrácké věznice bezpochyby patří období protektorátu. Německá okupační správa v ní zřídila vyšetřovací vazbu gestapa a v dubnu 1943 zařízení k vykonávání poprav stětím gilotinou. V neblaze proslulé pankrácké „sekyrárně" bylo do konce války popraveno 1075 osob, včetně 155 žen. Popravčí komora s gilotinou je v pankrácké věznici z pietních důvodů zachována dodnes.

Po válce bylo na dvoře věznice oběšeno několik válečných zločinců, například státní tajemník úřadu říšského protektora Karl Hermann Frank. Na Pankráci se ocitl i protektorátní prezident Emil Hácha, jenž zde v červnu 1945 zemřel.

Po uchopení moci komunisty v únoru 1948 byla na Pankráci vězněna řada politických vězňů. Po vykonstruovaném procesu skončila na zdejším popravišti například demokratická politička Milada Horáková či někdejší generální tajemník KSČ Rudolf Slánský. V období normalizace pobýval za pankráckými mřížemi disident a pozdější prezident Václav Havel.

Počínaje rokem 1954 sloužila Pankrác jako jediné místo výkonu trestu smrti v celém Československu. Teprve koncem 60. let bylo zřízeno další popraviště v Ilavě a později v Bratislavě.

V polovině 70. let byla v pankrácké věznici popravena Olga Hepnarová, která úmyslně vjela nákladním automobilem na tramvajovou zastávku, přičemž zabila osm lidí. V únoru 1989 se Pankrác stala místem výkonu posledního absolutního trestu na českém území. Na šibenici tehdy svůj život dokonal pětinásobný vrah Vladimír Lulek.

V současnosti má Vazební věznice Praha-Pankrác kapacitu 1202 míst. Součástí je i nemocnice s poliklinikou, která má 111 lůžek.